LAMMPS计算常用软件及工具


1. 建模软件

(1) Materials Studio(商业软件请使用正版)

(2) Atomsk 金属(包括位错)建模,输出data文件

(3) Packmol 小分子体系(团簇)建模,水盒子

(4) AmberTools 分子动力学软件Amber的开源工具箱,用于生物大分子、DNA建模等。

2.可视化软件

(1) VMD 村长用得最多也是最熟悉的建模、可视化软件,功能强大。

(2) Ovito 金属可视化的新星,好用、图片也很漂亮

(3) Atomeye 分子模拟领域李巨的大作。早期金属可视化文章多用它出图。

(4) Pymol 村长最早接触的可视化软件,Python写的。主要用于生物体系建模及可视化。

(5) LAMMPS的dump image功能,不建议用。

3.数据分析及绘图软件

(1) xmgrace

(2) gnuplot

(3) Matplotlib Python的一个2D绘图包,村长强烈推荐!

(4) Scilab/Octave/ Matlab(请使用正版)

(5) awk/sed/grep 强大的流编辑器

如果你有什么建议或意见,欢迎留言与我交流。

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